Вопрос Генерировать контент с помощью PHP, или загрузить шаблон и наполнять его посредством AJAX?

Смотря что. Статичные данные (которые не изменяются в процессе пользования страницей) я бы генерировал на сервере. В ином случае, легко создать какой-нибудь эксплойт.

21 век на дворе, какой нафиг пхп)) Все передовые фреймворки поддерживают SSR. Никаких проблем с индексацией поисковиками, плюс уровень производительности сайта настолько высокий, что похапэ и не снилось. Все что нужно для такого счастья, это нода на твоем компе, учетка Firebase/AWS (или персональный сервер) для апи, и абсолютно любой хостинг для размещения (так как сервиться будет исключительно статика)... А если хочется, можно реализовать работу веб-приложения в случае если хостинг ляжет, или даже в оффлайне.

Конечно PHP. Быстрее, легче, нравится поисковикам. Ajax - для последующей интерактивности на странице, когда посетитель какую-нибудь дополнительную инфу запросит в каком-нибудь месте страницы. Чтобы всю страницу не перезагружать, а обносить только этот кусок и придумали Ajax.

а вот поисковики, интересно, этот ajax будут запрашивать? точно не знаю, но, по-моему, они этого не делают.