Так устроен установщик. Он пишет прогу в ту папку, для которой и создавалась программа. Если прога 32-х разрядная, то ни один установщик не положит ее в другую папку, кроме как х86.
Если указать не ту папку, то есть вероятность, что винда запустит программу не с теми параметрами.